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一、三个藩王
清朝刚入关的时候，自己的兵力还不够多，管不了那么大的南方。怎么办呢？朝廷想了个办法：把帮助清朝打仗立功的汉人将领封为王，让他们替朝廷镇守南方。吴三桂是平西王，镇守云南、贵州一带；尚可喜是平南王，镇守广东；靖南王一支从耿仲明传到耿继茂，后来移镇福建，又由耿精忠承袭。原本还有定南王孔有德镇守广西，后来他被李定国军围在桂林，兵败后自尽。定南藩没有延续下来，后来人们所说的“三藩”，就是平西、平南、靖南这三支。
这些藩王可不是普通的地方官。他们手握军队、长期镇守一方，还有自己的地盘。朝廷本想着让他们帮忙对付南方的反清势力，可日子一久，三藩越来越强大，慢慢变成了朝廷心头的一块大石头。
二、云南的“小皇帝”
三藩里最厉害的，要数云南的吴三桂。朝廷为了方便他跟南明作战，把云南的军政大权都交给了他，官员任免、兵马钱粮，全由他一个人说了算。吴三桂就借着这个权力不断扩大势力。他推荐谁当官，朝廷各部门都不敢驳回，大家私下里把这种选官方式叫“西选”。
他还做了更多越界的事：把王府设在从前永历皇帝住过的五华山宫殿里，经营矿山等生意，还购买军马。他的军队常年跟南明、缅甸和云贵土司打仗，精兵猛将云集，实际兵力远远超过朝廷规定的数目。他的儿子吴应熊娶了清朝公主，成为额驸，住在北京。吴三桂一家与朝廷既有君臣关系，也有这层婚姻关系。这样一来，云南看上去就像一个独立的小王国，朝廷的命令到了那里，常常不管用。
三、撤不撤？
年轻的康熙皇帝除掉专权的鳌拜、真正掌权之后，把目光投向了三藩。三藩维持着自己的军队，每年要从各省调来大笔钱粮。地方将领长期掌握军政大权，朝廷要让他们交出兵权，并不容易。
1673年春天，事情有了转机。平南王尚可喜因为跟长子尚之信不和，主动上书说想回辽东老家养老，希望儿子继续留守广东。康熙帝顺势宣布裁撤平南藩，让尚家父子一起回辽东。消息传到云南，吴三桂吃了一惊。吴三桂随后也上疏请求迁走藩府。他在奏疏里说，部下人数很多，从前搬往云南就花了三年，如今人口更多，希望朝廷给足安置的土地。他提出迁移，却仍盼望朝廷挽留他，让他继续镇守云南。
奏疏送到北京，朝廷里分成了两种意见。有人怕迁徙引起变乱，主张让吴三桂留在云南；也有人认为南方局势已变，不应再让他久镇一方。康熙帝选择撤藩，认为吴三桂已有异志，撤与不撤都有反叛的危险，不如趁现在处理。朝廷准许吴、耿两家迁藩，并派官员前去办理。
四、起兵
撤藩的命令传到云南，吴三桂的部下都震动了。朝廷派来的官员带着诏令来到，吴三桂与部下商议起兵，在关隘布置人手，限制人员出入。他又把云南巡抚朱国治叫来，逼他一起反叛。朱国治不肯，吴三桂将他杀害，在1673年冬天起兵反清。
他打出的旗号很响亮：自封“大明天下都招讨兵马大元帅”，恢复明朝的衣冠，还发檄文说自己是要反清复明。可有个问题他始终说不清——当年正是他杀害了南明的永历皇帝，如今又说要恢复明朝，谁肯相信呢？这成了他号召天下的一大障碍。
起兵之后，吴军进展快得出人意料。贵州、云南的官员纷纷归附，吴军取得云贵多地，接着大将马宝做先锋攻入湖南，湖南巡抚弃长沙而走，四川、广西等地也有人起兵响应。
五、八方响应
吴三桂起兵的消息像风一样传遍各地。福建的耿精忠收到檄文后，占据福建，囚禁了总督范承谟，自称“大明总统兵马大将军”，分三路大军北伐，攻下了浙江、江西的大片地方。他还邀请在台湾的郑经出兵。郑家一直奉明朝为正统，郑成功死后，郑经丢了金门、厦门，只剩台湾和澎湖，正想找机会跟清朝再打一仗。
陕西提督王辅臣也反了，他本是吴三桂的义子，兵变中杀死了朝廷的经略莫洛，叛军很快攻陷陕西北部、甘肃南部。更让北京吃惊的是，1675年，察哈尔部的布尔尼亲王趁清军主力南下、京城守备空虚，也起兵响应，直接威胁清朝的后方。
战事从云南向多个方向蔓延，云、贵、川、湘、桂、闽等地先后出现响应的军队，浙江、江西也有大片地方失守。吴三桂的部下曾提出渡江北进、顺江攻打南京，或从四川进入关中等办法，他都没有采用。他的军队在长江边与清军相持，又要回兵支援长沙，起初迅速推进的战局变成了多处拉锯。
在吴三桂起兵之初，北京的吴应熊已被拘禁。1674年，康熙帝下令将他处死。吴三桂后来又遣使联络达赖喇嘛，请他帮助说和；达赖喇嘛上书请求停战，清廷没有答应。战争继续，留在南北两地的吴家父子也已无法重聚。
六、后院起火
北京城里也不太平。吴三桂反讯传来的第二天，有个叫杨起隆的人自称“朱三太子”，密谋带着八旗奴仆四处放火起事，结果事情泄露，被迅速围捕，京城这才安定下来。
更大的威胁在塞外。布尔尼亲王起兵后，清廷必须一边应付南方战事，一边组织军队迎战。他起兵时，朝廷竟然无兵可调，大学士图海只好靠太皇太后的威望，招募了数万八旗家奴的壮丁。没有粮饷，图海就告诉士兵：察哈尔承袭元代数百年的家业，财宝数不清，打赢了都是你们的！这支拼凑的军队在达禄中了布尔尼的埋伏，却拼死奋战，大破敌军。布尔尼只带着三十骑逃走，后来被杀。
陕西的王辅臣也在反复摇摆。康熙帝下谕说不追究他擅杀莫洛之罪，他马上表示忠心；可吴三桂的军饷一运到，他又反了。直到图海带着察哈尔之战的余威打到平凉，切断了他和吴三桂的联系，王辅臣才再度降清。陕甘平定，朝廷终于可以腾出手来，专心对付湖南的吴三桂了。
七、长沙拉锯
湖南成了双方争夺的中心。清军大将岳乐避实击虚，不走重兵把守的岳州，而是从江西攻下袁州、萍乡，直逼长沙。吴三桂只好放弃支援四川的计划，亲自率大军回救长沙。他驻兵岳麓山，与守将互为犄角，把长沙守得铁桶一般。
吴军骁将高大节更是厉害，他率兵占领江西吉安，又带四千人北上袭击清军后路，多次以少胜多，把清将岳乐、喇布打得节节败退。后来高大节死在军中，接手的韩大任守城不出。1677年春，吴三桂派马宝去救吉安，马宝到了城西，城里却毫无动静——原来韩大任怕中埋伏不敢出城。两军就这样错过了。四月，吉安粮尽，韩大任趁夜突围逃走。
八、广东与广西
广东的尚可喜起初拒绝响应吴三桂。吴三桂起兵之初，广东境内响应吴军的人都被他扑灭，他还把吴方派来的使者和书信送到北京发落。可他的长子尚之信早已不满父亲偏爱弟弟尚之孝，趁耿精忠和郑经夹击广东、广州十郡丢了四郡的乱局，派兵把父亲囚禁在府里，接受吴三桂授予的招讨大将军、辅德公的封号，易服反清；随后又被进封为辅德亲王。清军一度退回江西。
吴三桂催促尚之信出兵，双方却并没有一直合力作战。1677年六月，他暗通清军，再度降清。吴三桂急派胡国柱、马宝从湖南进攻广东，在韶州被清将莽依图死死挡住。两军相持两个月，马宝断了清军粮道，又用大炮轰城墙，眼看城要破了，清廷援军赶到，吴军只好败退。此后广东各地纷纷献城归清。
广西那边，镇守的孙延龄起兵响应吴三桂，却和提督马雄结了怨。曾因揭发吴三桂而被贬到广西的傅弘烈，劝孙延龄迎接清军。孙延龄派他到江西联络，吴三桂得知后，派从孙吴世琮进广西，将孙延龄杀害。傅弘烈返回广西后，孙延龄旧部中的一些将领杀了吴军留守者，转而归降清廷。广西的战局也开始向不利于吴军的方向变化。
九、闽浙战局
东南方向，康熙帝派康亲王杰书率军驰援浙江。1674年秋，杰书与浙江总督李之芳合兵，在衢州击破耿军东路主将曾养性，次年又在金华、黄岩再败耿军，曾养性败走温州。中路主将马九玉镇守浙江开化、常山、江山三城，李之芳与他相持不下。
转机出在耿精忠自己身上。他先是派使者去琉球，要求对方当他的附庸、供应火药原料硫磺；接着又和郑经闹翻，郑经反过来出兵攻打福建。耿精忠腹背受敌，顾不上浙江，马九玉孤立无援。1676年八月，杰书趁势南下，攻破马九玉的大本营，收复浙江，马九玉只剩三十骑败走仙霞岭。西路主将白显忠也屡战不利，只得投降。
清军大举入闽，连克建阳、延平。杰书送去了劝降书，耿精忠起初还拿“恐部下不从”搪塞，等到兵临城下才害怕起来，向清朝投降——投降之前，他竟把囚禁多年的范承谟杀了灭口。曾养性随后也在温州降清，闽浙两省全境收复。耿精忠归降、尚之信也与清军联络后，吴三桂失去了福建和广东的外援，清军可以把更多兵力转向湖南。
十、称帝与离世
1677年之后，吴三桂的处境一天比一天糟：耿、尚两家先后降清，陕西外援断绝，江西也丢了，湖南东北部落入清军之手，连吴军水师主将都在湘潭投降了。为了挽回声望，他打出了最后一张牌——1678年，他以明朝后裔已断绝为由，在衡州称帝，国号周，建元昭武。
称帝以后，吴三桂安排官员、封赏部下，又调军争夺湖南各地。他要维持的不再只是云南的王府，还有一个新设的朝廷；但原来的盟友已经先后离去，战场上的困难并没有因此消失。称帝后他调集三路大军攻打永兴，想夺回都城的门户。吴军围住永兴城，守将硕岱死守了二十多天，城墙眼看要撑不住了——就在这紧要关头，吴三桂病死了。永兴之围自然解除。
他的孙子吴世璠继位，改元洪化。吴军将领们商量下一步怎么办，最后决定放弃衡州，退守贵阳，清军则趁势一路追击。
十一、昆明城破
清军后来接连夺取岳州、衡州、常德、长沙等地，吴军不断退向西南。其他战场上吴军也节节败退：吴世琮死在广西，王屏藩败死在四川。1680年，清军多路大军攻入贵州，直指云南。吴世璠退守昆明，与郭壮图等人驻守五华山，做最后的抵抗。
清军围住昆明，吴世璠一次次召集援军，却没能解围。一些部下准备擒住他和郭壮图，向清军投降。1681年，吴世璠与郭壮图自杀，守军随后献城归降。从吴三桂起兵到这一刻，整整八年，这场震动天下的大战终于平定。
战后，尚、耿二藩被裁撤，吴氏在云贵的统治也已结束。原来由这几家藩王长期掌握的兵权和地方事务，重新纳入朝廷的统辖。康熙帝拒绝了群臣给他上尊号的请求，反而反省施政的不足，整顿吏治，还通过祭拜明陵、开设博学鸿词科等方式安抚汉人士人。从云南起兵到昆明城降，战线曾延伸到江南、陕西和塞外。那些最初一同响应的军队，后来有的败退、有的归降。清军逐处推进，直到吴世璠的援军断绝，持续八年的战乱才告结束。
